Для большинства техник в ниндзюцу требуется использование внутренней энергии - чакры. Есть два источника чакры: первый - внутренняя энергия миллиардов клеток тела, второй - ментальная и физическая энергия, накапливаемая в результате ментальных и физических тренировок. Также увеличивается благодаря преодолению сложных жизненных ситуаций. Для того чтобы применить технику, ниндзя должен уметь контролировать и высвобождать эти два вида энергии. Количество чакры, которое поглощает техника зависит от ее сложности и мастерства самого ниндзя. Чем опытнее ниндзя, тем меньшее количество энергии он тратит на одно и то же дзюцу. В тайцзюцу (рукопашном бою) нет необходимости использовать чакру - так как большая часть атак основывается на физических возможностях тела шиноби. В ниндзюцу затраты энергии зависят от способности исполнителя к контролю над своей чакрой. У ниндзя с совершенным контролем вся энергия будет использоваться по прямому назначению. Новички же тратят неоправданно много чакры даже на простые дзюцу.

Потоки чакры в теле определяются системой ее циркуляции. Существует множество тончайших каналов, соединяющих жизненно важные точки. С их помощью ниндзя может перераспределять чакру внутри тела. Если каким-то образом каналы оказываются разорванными, даже опытному медику оказывается очень сложно их восстановить. Система циркуляции чакры охватывает все внутренние органы и включает в себя 361 tenketsu (своеобразные узлы, связывающие между собой каналы протекания энергии). Манипулируя tenketsu ниндзя может принудительно усиливать или ослаблять поток чакры. Лишь шиноби, владеющий техникой Бьякогана может увидеть систему циркуляции энергии другого человека. Шаринган позволяет обладателю увидеть лишь основные потоки чакры, но никак не всю систему. Комбинация из Бьякогана и специального тайцзюцу клана Хьюго позволяет его представителям атаковать tenketsu противника. После таких атак поток чакры через tenketsu блокируется и ниндзя теряет возможность использовать техники. Кроме того, атаки клана Хьюго повреждают не только tenketsu, но и внутренние органы. Поскольку ниндзя не имеет возможности тренировать внутренние органы наравне с мускулами, подобные атаки крайне опасны.

Использование чакры
Фокусируя определенное количество чакры в ногах, ниндзя могут прикреплять свое тело к любой поверхности - например, к дереву или стене. Также эта способность позволяет им перемещаться по любой местности - например, гулять по вертикальной стене как по земле. Навык хотьбы по воде сложнее в изучении - так как требует лучшего контроля над собственной чакрой. Кроме того, фокусируя энергию в мускулах, ниндзя может временно увеличить их силу и выносливость.
Кроме того, чакра активно используется в бою. К примеру, Канкуро создает тончайшие энергетически нити, чтобы управлять своими марионетками, а Кабуто с ее помощью создает невидимые скальпели, разрезающие внутренние органы противника. Кроме того, с помощью чакры создаются защитные барьеры.
Любое гендзюцу основывается на внедрении своей чакры в разум и органы чувств противника. После этого ниндзя получает практически неограниченные возможности по контролю над попавшим в технику человеком. Есть всего две возможности нейтрализовать гендзюцу. В первом случае - ниндзя должен полностью остановить ток чакры в своем теле. Во втором - попавшему в гендзюцу остается лишь рассчитывать на помощь товарищей, разрушающих иллюзии своей энергией.

Восемь Врат
Помимо tenketsu, система циркуляции чакры включает в себя восемь центров, отвечающих за регуляцию потоков энергии. Hachimon или Восемь Врат располагаются вдоль позвоночника, рядом с сердцем и в голове ниндзя. Некоторые шиноби учатся контролировать Врата и получают возможность принудительно открывать их в случае необходимости. Чем большее количество Врат открыто, тем большую мощь получает ниндзя. К сожалению цена использования этой техники велика. Открытие каждых последующих Врат увеличивает нагрузку на тело шиноби и приближает его к смерти. Поэтому эта техника была отнесена к разряду Запретных. Открыв все Восемь Врат, ниндзя получает невероятные силы и способен победить любого противника. Однако ценой этого оказывается его жизнь. К тому же, открывший лишь несколько Врат, ниндзя практически гарантированно терпит поражение сам, если не успевает уничтожить врага за то время, пока техника действует. Телу требуется некоторое время на восстановление после применения техники - тем большее, чем больше Врат было открыто.